En el momento de la creación de la nueva diócesis de Getafe -octubre de 1991- los seminaristas domiciliados en la nueva diócesis de Getafe permanecieron en el mismo Seminario Conciliar de Madrid donde se estaban formando. Mons. Don Francisco José Pérez y Fernández-Golfín, primer obispo de la diócesis recién creada, les visitaba y se reunía periódicamente con ellos.

En octubre del año siguiente, al comenzar el curso académico 1992 / 1993, Don Francisco José decidió, después de una problemática búsqueda de espacio, abrir una comunidad de seminaristas de Getafe en su misma residencia episcopal, un espacio deshabitado de un antiguo colegio de las Misioneras Cruzadas de la Iglesia, que le habían ofrecido su hospitalidad, pues la nueva diócesis no disponía todavía de otros medios para alojar a su obispo.

Esta comunidad comenzó, pues, su andadura con domicilio en Cubas de la Sagra, localidad de la Comunidad de Madrid limítrofe con la provincia de Toledo. En su seno albergaba a 11 seminaristas encomendados a la tutela de D. Rafael Zornoza Boy, entonces secretario de Don Francisco José.

A pesar de la distancia, los seminaristas seguían cursando sus estudios en Madrid, desplazándose todas las mañanas hasta la Facultad de Teología en transporte público.

Pronto fue necesario buscar un lugar capaz y estable, que reuniese condiciones para la vida del Seminario, con una mayor proximidad a Madrid y a los grandes núcleos de población de la diócesis.

Así, después de dos años en Cubas de la Sagra (con 11 seminaristas el primer año y 18 el segundo), el incipiente Seminario Diocesano de Getafe se mudó al Cerro de los Ángeles, acompañando a su obispo que también trasladó aquí su nueva residencia.

El Seminario comenzó el curso 1994 / 1995, primero de esta nueva etapa, con 39 seminaristas.

D. Rafael Zornoza Boy explicaba el comienzo de esta nueva etapa con las siguientes palabras:

"El Seminario es aquel lugar destinado a la formación de los candidatos al presbiterado, el lugar donde se cultivan las vocaciones sacerdotales. Curiosamente, al buscar esta voz, el diccionario la incluye dentro del campo semántico de "sembrar". Podemos equipararlo con un invernadero, un lugar privilegiado donde se cuida las vocaciones, como si fuesen pequeños retoños de plantas muy delicadas. Y es que esto es así; con la vocación no se juega; es algo muy serio, y si queremos que estos tallos se conviertan un día en fuertes troncos que sostengan el árbol de la Iglesia, tenemos que cuidarlos mucho.

Volviendo un poco la vista atrás, observamos el nacimiento de la diócesis aquel año de 1991 y comprendemos entonces la urgencia que nuestro señor Obispo tenía en formar el seminario. ¡Sin pastores, la comunidad no existe! Así, en octubre del año siguiente, un pequeño grupo de seminaristas daba sus primeros pasos en Cubas de la Sagra, un pequeño pueblo al sur de la Diócesis. Fueron, sin duda, unos años inolvidables.

Pero como era de esperar, los obreros que el Señor nos dijo que pidiéramos, no tardaron en empezar a llegar. Así, aquella diminuta jardinera de Cubas de la Sagra, en las que se desarrollaban las primeras vocaciones de la diócesis, pronto se quedó pequeña. Comenzaba a vislumbrarse que estos insignificantes brotes pasarían a ser un gran vergel.
Fue entonces cuando el seminario se estableció definitivamente en el Cerro de los Ángeles, rehabilitando las ruinas que allí había de un edificio nunca terminado. De esta forma, el Seminario iba tomando consistencia al recibir nuevas vocaciones.

Se notaba que detrás de esta empresa estaba el verdadero Agricultor, aquél que sabe llevar a cabo sus planes. Está claro que el Señor no se conformaba con una pequeña plantación; él quería un gran ejército de pastores a los que poder enviar a estas tierras del sur de Madrid."

Con ocasión de la fiesta de San José, el Seminario "Ntra. Sra. de los Apóstoles" fue erigido por Mons. Pérez y Fernández-Golfín, el 19 de marzo de 1994.
El 1 de junio de ese mismo año, D. Rafael Zornoza Boy fue nombrado primer Rector del Seminario.

Erijo el Seminario Diocesano de Getafe “Ntra. Sra. de los Apóstoles” con sede en El Cerro de los Ángeles con los derechos y prerrogativas que le son inherentes, gozando de la personalidad jurídica que el Derecho canónico le confiere (c. 238 & 1).
Su dotación económica estará constituida por las donaciones y legados; por las rentas propias; por colectas destinadas a este fin a tenor de los cánones 264 & 1 y 1266; por las aportaciones de la Administración diocesana y, en caso de necesidad, por el tributo especial regulado por el canon 264 de la legislación canónica.
Me es grato concluir este importante documento con las siguientes recomendaciones conciliares: “El deber de fomentar las vocaciones atañe a toda la comunidad cristiana” (O.T. n. 2 a). “Todos los sacerdotes consideren el Seminario como el corazón de la diócesis y préstenle con gusto su personal colaboración” (ib. n. 5 b).
Me propongo, por mi parte, seguir gustosamente las consignas del propio Concilio Vaticano II, a saber, “alentar con asidua y atenta predilección a cuantos trabajan en el Seminario y mostrarme a los seminaristas como verdadero padre en Cristo” (Ib. n. 5, b).

En Getafe, a diecinueve de Marzo de mil novecientos noventa y cuatro.

Fdo. Francisco José Pérez y Fernández-Golfín
Obispo de Getafe

El 16 de octubre de 1994, el Sr. Nuncio Apóstolico del Santo Padre en España, Mons. Tagliaferri, bendijo el nuevo edificio del Seminario en el Cerro de los Ángeles.

Después de la celebración de la Eucaristía, nos transmitió el siguiente mensaje de S.S. Juan Pablo II:

Su Santidad Juan Pablo II saluda con afecto al obispo de Getafe, a los formadores, profesores y alumnos del nuevo seminario diocesano "Ntra. Sra. de los Apóstoles" que ahora se inaugura y eleva su plegaria al Buen Pastor, para que ese centro de formación sacerdotal sea siempre "una comunidad educativa en camino", en la que se reaviva "la experiencia formativa que el Señor dedicó a los Doce" (cf. Pastores Dabo Vobis, 60).

De este modo, cuidando la formación sacerdotal de cada seminarista a nivel humano, espiritual e intelectual, se les prepara como sacerdotes y auténticos pastores de almas, como ministros de la Palabra, de la Eucaristía y de la Reconciliación.

Con estos fervientes deseos, el Santo Padre pide a Jesucristo, Sumo y Eterno Sacerdote, por mediación de la Virgen María, que derrame sobre la comunidad del Seminario Diocesano de Getafe abundantes dones que san constante aliento en su vida diaria, a la vez que imparte a todos cordialmente la implorada Bendición Apostólica.